Impliqué depuis quelques semaines dans la recherche contre le coronavirus SARS-CoV-2, le projet de recherche médicale Folding@Home ne cesse de gagner des utilisateurs. De quoi accélérer l’identification de nouvelles pistes pour vaincre la maladie.

[MAJ]Le projet atteint désormais une puissance de calcul de plus de 2.4 Exaflops de calculs par seconde, ce qui est tout simplement plus que les 500 meilleurs supercalculateurs actuellement en service réunis… Ce dernier a ainsi été l’un des premiers à permettre de modéliser et donc de permettre aux chercheurs de visualiser la protéine membranaire “Spike”, qui ouvre la voie au coronavirus à l’intérieur des cellules cibles, en action (voir ci-dessous).

Le projet Folding@home permet d’apporter sa contribution dans la recherche médicale

Les protéines, avec les molécules d’ADN et d’ARN qui permettent leurs synthèses, sont les molécules fondamentales du vivant. Elles sont des assemblages en chaînes d’acides aminés. Mais dès le début des années 1950 les biochimistes Linus Pauling et Robert Corey ont découvert les premiers indices de la structure en trois dimensions qu’adoptent les protéines, ouvrant la voie à l’investigation du fameux phénomène de repliement des protéines (protein folding, en anglais).

Créé dans les années 2000 et historiquement soutenu par Google, Folding@Home repose sur la puissance de calcul non-utilisée des ordinateurs personnels d’utilisateurs volontaires. Le logiciel est disponible pour Windows, macOS et Linux. En cumulant la puissance de milliers d’ordinateurs, le projet permet d’accélérer les calculs liés à la recherche sur le repliement des protéines, qui sont très complexes.

Avec son programme, l’université de Stanford veut appliquer ce modèle contre le coronavirus. L’initiative californienne n’espère pas développer directement un vaccin, mais veut mieux comprendre le développement du coronavirus Sars-CoV-2, à l’origine de la maladie Covid-19, avec la modélisation en 3D des protéines qui lui sont attachées. Ce qui permettra peut-être aux équipes scientifiques dans le monde entier d’avancer un peu plus vite vers un vaccin.

De 30 000 à 700 000 contributeurs en quelques semaines

Le logiciel s’installe en quelques clics et exploite la puissance non utilisée de l’ordinateur : il ne ralentit donc pas, en théorie, les tâches lancées par l’utilisateur, qui peut télétravailler ou jouer en même temps. Une partie importante de la puissance de calcul est fournie par processeurs graphiques, ceux qui animent les cartes graphiques des ordinateurs pour les jeux vidéo. Dans la communauté des « gamers », qui disposent d’une puissance de calcul décuplée par rapport aux utilisateurs moyens, plusieurs acteurs de premier plan ont lancé des appels à participer, comme le principal fabricant de cartes graphiques, l’américain Nvidia, ou l’éditeur français de jeux Ubisoft.

Grâce à la mobilisation massive du public, le projet Folding@Home a annoncé sur Twitter le 25 mars avoir franchi la barrière de l’exaflop, soit un milliard de milliards d’opérations en virgule flottante par seconde… ce qui rend le programme 10 fois plus rapide que Summit, le supercalculateur le plus rapide au monde à l’heure actuelle.

Cette initiative n’est pas limitée dans le temps ! Folding@home est déjà utilisé pour aider à trouver des remèdes pour des maladies comme le cancer, la sclérose latérale amyotrophique (SLA), la maladie de Parkinson, Huntington, la grippe et bien d’autres à partir du repliement des protéines.

Télécharger le logiciel Folding@Home sur le site officiel

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